باوجود ایمنی و درصد موفقیت بالای بارداری با آی وی اف، این روش نیز ممکن است عوارضی داشته باشد. عمده عوارض IVF برای مادر، در مراحل تزریق داروها، تخمک‌کشی یا پانکچر و انتقال جنین رخ می‌دهد. همچنین احتمال چندقلویی یا مشکلات رشد و سقط جنین تا حدی وجود دارد. با مشورت پزشک می‌توان از میزان احتمال این خطرات آگاه شد.
اگرچه دقت تعیین جنسیت جنین با IUI به خوبی روش‌هایی همچون IVF نیست؛ اما می‌توان به کمک بررسی کروموزوم‌های اسپرم برای تعیین سرعت آن‌ها یا استفاده از تکنیک میکروسورت جهت مقایسه وزن اسپرم‌ها، جنسیت احتمالی را تشخیص داد. البته لازم است پیش از این کار، زوجین با نحوه انجام آزمایش‌ها و عوارض آن‌ها آشنا شوند.
لاپاراسکوپی در مقایسه با جراحی‌های باز، روشی کم‌تهاجمی است که عوارض اندکی دارد. این تکنیک که با برش‌های کوچک شکمی برای درمان‌هایی نظیر هیسترکتومی، اوفورکتومی، برداشتن کیست و فیبروم و... انجام می‌شود، برای اغلب افراد مناسب است. اما پس از جراحی باید مراقبت‌هایی همچون استراحت، مصرف داروها و... را در پیش گرفت تا عوارض به حداقل برسد.
به دلیل نقش هورمون هیپوفیزی FSH در توانایی باروری زنان و مردان، آزمایش اندازه‌گیری آن کمک زیادی به تعیین علل ناباروری، دلایل بلوغ زودرس، علت کمبود اسپرم در مردان یا عدم تخمک‌گذاری در زنان و... می‌کند. بااین‌حال برای کسب نتیجه دقیق و تفسیر صحیح تست، باید اقداماتی را در پیش گرفت و آزمایش را در زمان پیشنهادشده توسط پزشک انجام داد.
در برخی مراحل آی وی اف همچون تخمک‌کشی یا انتقال جنین، به دلیل بی‌حسی معمولاً دردی احساس نمی‌شود. اما مانند هر روش درمانی دیگری ممکن است اقداماتی از قبیل تزریق داروها یا رشد تعدادی زیادی از تخمک‌ها، دردناک و حساسیت‌برانگیز باشد. با مشورت پزشک و رعایت بعضی نکات و مراقبت‌ها می‌توان درد IVF را تا حد زیادی کاهش داد.
یکی از روش‌های کم‌تهاجمی تشخیص و درمان بیماری‌های زنان هیستروسکوپی است که در زمان کوتاهی انجام می‌گیرد. این تکنیک برای شناسایی و رفع مشکلات آندومتر، تومورها، خونریزی‌های واژینال، ناهنجاری‌های رحمی و... به کار می‌رود و عوارض ناچیزی دارد. آشنایی با نحوه انجام هیستروسکوپی به کسب آمادگی‌های لازم پیش از این عمل کمک خواهد کرد.
اگرچه ترشح هورمون hCG در زنان، به‌طور طبیعی در دوران بارداری افزایش می‌یابد؛ اما بسته به نوع و علت ناباروری زوجین می‌توان از آن برای درمان مشکلاتی همچون کیست تخمدان، احتمال سقط جنین، نیاز به تحریک تخمک‌گذاری در IUI و IVF و حتی بهبود مشکلات مردانه نظیر کم‌کاری هیپوفیز یا درمان نهان‌بیضگی استفاده کرد.
فریز جنین یک تکنیک کاربردی برای نگهداری جنین جهت بارداری در آینده است که به دلایلی همچون مقابله با کاهش ذخیره تخمدان، جلوگیری از آسیب تخمک‌ها در شیمی‌درمانی، جلوگیری از تکرار روند تخمک‌کشی و... انجام می‌شود. آشنایی با عوارض و البته فواید این روش نظیر امکان تعیین جنسیت یا سلامت جنین، به زوج‌ها در انتخاب صحیح آن کمک می‌کند.
استفاده از تخمک اهدایی، یکی از روش‌های درمان ناباروری می‌باشد که در ایران هم از نظر شرعی، قانونی و پزشکی بلامانع است. بااین‌حال نگرانی‌هایی درخصوص شباهت فرزند به والدین، مشکلات حقوقی عدم ارتباط ژنتیکی با فرزند، احتمال برخی بیماری‌ها و عوارض، بروز مشکلات روحی و روانی در خانواده و... ممکن است زوجین را نگران کند که در این مطلب به تمام آن‌ها پاسخ داده می‌شود.
در زوج‌هایی که با روش‌هایی همچون آی وی اف بچه‌دار می‌شوند، گرید جنین نقش مهمی در موفقیت بارداری با IVF دارد. منظور از گریدبندی، تعیین کیفیت و قدرت رویان در روزهای سوم تا پنجم لقاح است که براساس شکل، تعداد سلول‌ها، کیفیت بخش‌های مختلف سلول و... مشخص می‌شود و لذا آشنایی با هر درجه‌بندی، به تعیین بهترین جنین کمک می‌کند.