سقط جنین که به معنای مرگ جنین در طول تقریباً ۲۰ هفته‌ی اول بارداری است، به دلایلی همچون نقص کروموزومی تخمک و اسپرم، مشکلات رحم و... رخ می‌دهد. بااین‌حال به کمک روش‌هایی همچون معاینه منظم و کامل توسط پزشک، واکسیناسیون جامع، مصرف ویتامین‌های ضروری، درمان بیماری‌های مؤثر بر جنین و... می‌توان خطر سقط را به حداقل رساند.
باوجود ایمنی و درصد موفقیت بالای بارداری با آی وی اف، این روش نیز ممکن است عوارضی داشته باشد. عمده عوارض IVF برای مادر، در مراحل تزریق داروها، تخمک‌کشی یا پانکچر و انتقال جنین رخ می‌دهد. همچنین احتمال چندقلویی یا مشکلات رشد و سقط جنین تا حدی وجود دارد. با مشورت پزشک می‌توان از میزان احتمال این خطرات آگاه شد.
واریکوسل گرید ۱ که خفیف‌ترین نوع واریکوسل است و به معنای درهم‌تنیدن رگ‌ها و طناب بیضه و در نتیجه اختلال گردش خون درون بیضه‌ها می‌باشد، با بروز مشکل در تولید اسپرم موجب ناباروری مردان می‌شود. این عارضه اغلب با تغییر سبک زندگی قابل درمان است، اما درصورت نیاز به درمان‌های دارویی یا عمل جراحی باید توسط پزشک متخصص معاینه شود.
از عوارض خطرناک حاملگی، بارداری خارج از رحم است که در اثر مشکلاتی همچون بیماری التهابی لگن، جراحی رحم و لوله‌های فالوپ، استفاده از IUD یا قرص جلوگیری از بارداری، آندومتریوز و... رخ می‌دهد. خطر بروز این عارضه در برخی زنان بیشتر است؛ اما آشنایی با علائم آن می‌تواند موجب تشخیص و درمان به‌موقع و نجات جان مادر شود.
افزایش شانس موفقیت بارداری و تولد یک نوزاد سالم، نیازمند مراقبت‌هایی هم از سوی زن و هم از سوی مرد است. مهم‌ترین اقدامات قبل از بارداری را باید در رعایت تغذیه سالم و مقوی، ترک سیگار و الکل و مواد مخدر، معاینه توسط پزشک متخصص، انجام کامل آزمایش‌های تشخیصی، رسیدن به وزن ایده‌آل و به‌طور کلی در پیش گرفتن یک سبک زندگی سالم دانست.
اگرچه دقت تعیین جنسیت جنین با IUI به خوبی روش‌هایی همچون IVF نیست؛ اما می‌توان به کمک بررسی کروموزوم‌های اسپرم برای تعیین سرعت آن‌ها یا استفاده از تکنیک میکروسورت جهت مقایسه وزن اسپرم‌ها، جنسیت احتمالی را تشخیص داد. البته لازم است پیش از این کار، زوجین با نحوه انجام آزمایش‌ها و عوارض آن‌ها آشنا شوند.
کیسه‌های کوچک حاوی مواد جامد یا مایع موسوم به کیست که در داخل یا روی تخمدان زنان شکل می‌گیرند، اغلب خودبه‌خود از بین می‌روند. اما گاهی در روند بارداری مشکل ایجاد می‌کنند که این اختلال شامل تأخیر در شروع قاعدگی، خطر پیچ‌خوردگی تخمدان، تشدید ناباروری درصورت ابتلای همزمان به اندومتریوز و... است.
ناباروری مردان ممکن است ناشی از مشکلاتی نظیر اختلال بیضه‌ها یا وجود برخی بیماری‌های خاص باشد. اما در اغلب موارد، این عارضه بر اثر اختلالات اسپرم ایجاد می‌شود. آشنایی با علل و علائم انواع مشکلات اسپرم از قبیل تعداد کم یا عدم وجود اسپرم، شکل ناهنجار، سرعت و حرکت نامناسب و... به تشخیص دقیق‌تر نوع ناباروری و درمان آن کمک می‌کند.
اگرچه در سال‌های اخیر مشکلات باروری افزایش یافته، اما اقدام به بارداری زنان در سنین کمتر از ۳۵ سال و حفظ سلامت اسپرم مردان با سبک زندگی سالم، دو عامل کلیدی در افزایش شانس فرزندآوری هستند. همچنین انجام معاینات کامل پیش از بارداری، انتخاب برنامه غذایی سالم و مقوی، مقاربت در زمان مناسب و... به بارداری سریع کمک می‌کند.
لاپاراسکوپی در مقایسه با جراحی‌های باز، روشی کم‌تهاجمی است که عوارض اندکی دارد. این تکنیک که با برش‌های کوچک شکمی برای درمان‌هایی نظیر هیسترکتومی، اوفورکتومی، برداشتن کیست و فیبروم و... انجام می‌شود، برای اغلب افراد مناسب است. اما پس از جراحی باید مراقبت‌هایی همچون استراحت، مصرف داروها و... را در پیش گرفت تا عوارض به حداقل برسد.